突如として出現した巨大なパラドクスゾーンの謎を追い、調査のため単独行動に乗り出すクロエ。玉姫はそんなクロエに不満を募らせる。一方、セプトピアに訪れた堕天使ルシフェルの真意に、アテナは戸惑いを抱き、美親との間に心のすれ違いが生まれる。そんな時、美親は襲来した使者との戦闘で、クロエの独断的な行動により負傷。それがきっかけとなり、クロエと玉姫は対立を深めてしまう──。